莲子一般可以改善消化功能，但具体效果因人而异。其含有膳食纤维、淀粉酶等成分，能够促进肠道蠕动和消化液分泌，从而辅助改善消化不良等问题。
莲子的膳食纤维含量约占干重的5-7%，这种不可溶性纤维能增加食物残渣体积，刺激肠道产生规律性蠕动。对于功能性便秘人群，适量食用可帮助形成正常排便节律。其中含有的淀粉酶属于天然消化酶，每100克莲子约含淀粉酶活性单位200-300U，能帮助分解食物中的碳水化合物，减轻胃部消化负担。中医理论认为莲子归脾、肾经，所含的棉子糖、水苏糖等低聚糖成分具有补脾止泻作用，对脾虚型腹泻患者有益。
但需注意，莲子中抗性淀粉含量约占总淀粉的15-20%，过量食用可能导致腹胀。每日建议摄入量为10-15克干品，相当于新鲜莲子20-30克。对于胃酸过多者，莲心含有的莲心碱可能刺激胃黏膜，建议去除绿色胚芽后食用。儿童消化系统发育不完善，建议3岁以下幼儿每日不超过5克。
若存在持续性腹胀、腹泻等消化系统症状，应及时到消化内科就诊。可通过粪便常规、胃肠镜检查明确是否存在器质性疾病，避免延误炎症性肠病等疾病的诊治。日常饮食中可将莲子与山药、茯苓搭配，制成药膳粥辅助调理脾胃功能。