结膜炎眼睛疼痛是否严重需要根据具体病情进行判断。若疼痛较轻且无其他伴随症状，通常不严重；若疼痛剧烈或伴随视力下降、畏光等，则可能提示病情加重或并发症，需及时就医。
1、病情较轻的情况
细菌性结膜炎患者可能出现轻度眼睛疼痛，通常伴有黄色分泌物增多，及时使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等抗生素药物后可缓解。病毒性结膜炎引起的刺痛感多在发病初期出现，随着阿昔洛韦滴眼液等抗病毒药物治疗会逐渐减轻。
2、病情加重的情况
当疼痛持续加剧并出现眼睑高度肿胀、结膜充血严重时，可能继发角膜炎或角膜溃疡，此时需加用更昔洛韦眼用凝胶等强效抗病毒药物。若伴随视力模糊、畏光流泪，提示可能发生葡萄膜炎等并发症，需联合糖皮质激素类眼药水治疗。
3、特殊类型结膜炎
过敏性结膜炎以眼部瘙痒为主，若出现明显疼痛需警惕并发细菌感染。化学性结膜炎接触刺激物后会产生剧烈烧灼样疼痛，需立即用生理盐水冲洗并及时就诊。
出现眼睛疼痛症状时需避免揉眼，停戴隐形眼镜。建议每日用无菌棉签清理分泌物，冷敷可缓解不适。若疼痛持续24小时未缓解或伴随视力改变，应及时到眼科进行裂隙灯检查、角膜荧光染色等专业评估，根据病原体类型调整治疗方案。