克罗恩病的病程通常呈现慢性、反复发作的特点，不同患者之间差异较大。大部分患者可能经历活动期和缓解期交替的过程，具体可分为初期阶段、进展阶段、缓解阶段、并发症阶段以及终末期阶段。病情发展与个体差异、治疗依从性等因素密切相关。
1、初期阶段
患者可能出现间歇性腹痛、腹泻、低热等非特异性症状。此阶段肠道炎症主要累及黏膜层，可能伴随食欲减退或体重轻微下降。约30%-40%患者在此阶段因症状不典型而未能及时确诊。
2、进展阶段
炎症逐渐向肠壁深层发展，累及肌层甚至浆膜层。典型症状包括持续性腹痛、黏液脓血便、明显体重下降（可达原体重10%以上）。约20%患者在此阶段可能出现肛周病变如肛裂或肛瘘。
3、缓解阶段
经过规范治疗后，约60%-70%患者可达到临床缓解。此阶段症状明显减轻或消失，但肠道仍可能存在微观炎症活动。缓解期持续时间因人而异，短则数月，长可达数年。
4、并发症阶段
约50%患者在病程10年内会出现肠梗阻、肠穿孔或肠瘘等并发症。肠道狭窄发生率可达30%-50%，其中回肠末端最易受累。部分患者可能并发关节病变（20%-30%）或皮肤病变如结节性红斑（10%-15%）。
5、终末期阶段
少数患者（约5%-10%）可能出现顽固性病变或癌变风险升高。长期慢性炎症可导致肠道结构改变，约70%患者最终需要手术治疗，但术后复发率仍较高。
建议患者定期进行结肠镜和影像学检查监测病情变化，治疗期间保持均衡饮食并戒烟。出现持续腹痛加重、便血或不明原因发热时应及时就诊，治疗方案需根据疾病活动度分级调整。生物制剂的使用可使约40%-60%患者获得长期缓解，但需严格遵循医嘱规范用药。