肛瘘可能引发肛周脓肿、肛门失禁、肛管狭窄、全身感染以及恶变等并发症。若未及时治疗，可能对患者的生活质量和健康造成较大影响，建议尽早就医处理。
1、肛周脓肿
肛瘘的瘘管通常与肛窦相通，若瘘管引流不畅或继发细菌感染，可能导致局部脓液积聚，形成肛周脓肿。患者可能出现肛门周围红肿、疼痛加剧、发热等症状，需及时切开引流并配合抗生素治疗。
2、肛门失禁
若肛瘘长期存在或反复感染，可能损伤肛门括约肌，导致其对肛门的控制能力下降。患者可能出现排便无法自主控制、漏便等情况，严重时需通过括约肌修复手术改善功能。
3、肛管狭窄
肛瘘病灶周围反复发生炎症反应，愈合过程中可能形成瘢痕组织，导致肛管弹性降低、管腔缩窄。患者可能出现排便困难、肛门疼痛等症状，轻度狭窄可通过扩肛治疗缓解，重度需手术松解。
4、全身感染
当肛瘘合并严重感染且未有效控制时，细菌可能通过血液扩散引发败血症，出现高热、寒战、血压下降等全身中毒症状。此类情况需立即住院进行抗感染、补液等综合治疗。
5、恶变
临床较为罕见，但长期慢性炎症刺激可能诱发瘘管组织癌变，表现为瘘口分泌物增多、质地改变或出现菜花样肿物。确诊需依靠病理活检，一旦发现需扩大切除范围并配合放化疗。
日常应注意保持肛门清洁，避免久坐或过度用力排便。饮食需减少辛辣刺激食物摄入，以清淡、高纤维为主。若肛瘘患者出现肛门肿胀加重、发热或排便异常，需立即到肛肠科就诊，避免自行挤压或用药，防止感染扩散。治疗期间需严格遵循医生建议，定期复查评估恢复情况。