奥司他韦和阿莫西林可以一起吃，但需要医生进行判断，若病情确实需要两种药物治疗的情况下可以使用，不能自行随意应用。
奥司他韦是治疗流感的特效药物，包括甲型流感和乙型流感。当继发细胞感染时需要在奥司他韦的基础上应用抗菌药物治疗，而阿莫西林是广谱半合成青霉素，口服吸收比较好，适合用于呼吸道的细菌感染，对常见的革兰阳性菌及部分革兰阴性菌有杀菌作用，且阿莫西林与奥司他韦之间没有相互作用，当病情需要时，可以联合应用。但判断是否为流感继发细菌感染时需及时就医，由医生进行判断。一般需要结合患者的临床表现、血常规、CRP甚至降钙素原、胸部CT影像进行综合分析。
流感病毒感染比较容易继发细菌感染，尤其对于婴幼儿、老年人、有肺部基础疾病、免疫功能低下的人群、孕妇、肥胖人群容易引起重症流感，重症流感继发细菌感染的几率更高。如果为重症流感继发细菌感染，一般需要静脉应用抗菌药物治疗，而阿莫西林也有静脉制剂。
甲型流感或乙型流感合并有其它部位感染，这种情况细菌感染不是在流感的基础上获得，而是两种独立的疾病。这种情况，也需要医生判断。需要遵照医嘱进行治疗。
服用药物期间需要注意个人饮食，避免吃辣椒、大蒜等刺激性的食物，以免影响药物吸收。