嗜热链球菌作为常见的益生菌之一，通常用于乳制品发酵，一般情况下适量摄入对人体无害。其安全性主要与摄入量、个体健康状况等因素有关。
嗜热链球菌在发酵过程中能够产生乳酸，帮助抑制有害菌的生长，促进肠道菌群平衡。日常通过酸奶、奶酪等食物摄入时，菌群数量处于安全范围，不会对健康人群造成危害。对于免疫功能正常的人群，嗜热链球菌不会在肠道内异常增殖，反而可能辅助改善消化功能。但极少数免疫缺陷患者，如接受化疗、长期使用免疫抑制剂的人群，肠道屏障功能受损时，理论上存在菌群移位引发感染的可能，这种情况在临床实践中较为罕见。
日常食用含嗜热链球菌的发酵乳制品时，建议选择正规厂家生产的产品。特殊体质人群可先进行小剂量尝试，观察是否有腹胀、腹泻等不适反应。若存在免疫系统疾病或正在接受相关治疗，食用前可咨询专业医师意见。