小柴胡汤作为传统中药方剂，通常使用的是北柴胡。北柴胡与南柴胡虽同属柴胡属植物，但品种和药用功效存在一定差异，需根据具体药性和治疗需求进行选择。
北柴胡学名为BupleurumchinenseDC.，其根粗壮且质地坚韧，表面呈黑褐色或浅棕色，断面呈纤维性。其性味苦、微寒，归肝、胆经，具有和解表里、疏肝解郁、升举阳气的功效，更适用于少阳病引起的寒热往来、胸胁苦满等症状。南柴胡学名为BupleurumscorzonerifoliumWilld.，根茎细长且质地柔软，表面呈红棕色，断面不显纤维性。其性味偏辛，解表退热作用较强，但疏肝理气功效较北柴胡弱。
从配伍规律来看，小柴胡汤原方中柴胡需发挥透邪外出的作用，北柴胡苦降辛开的特性更符合少阳枢机不利的病机。现代药理研究表明，北柴胡含有的柴胡皂苷a、d等活性成分，在调节免疫功能、抗炎和解热方面更具优势。而南柴胡的挥发油含量较高，对于外感发热初期效果更显著。
建议在临床用药时严格遵循经典方剂的药材基原，若需调整柴胡品种，应由中医师根据患者体质和具体证候进行辨证加减。使用前需经专业炮制处理，避免生用导致升发太过，服药期间忌食辛辣油腻食物。