支原体与细菌在结构、代谢方式及致病机制等方面存在明显差异。支原体属于柔膜体纲微生物，而细菌属于原核生物界，两者的主要区别包括细胞壁结构、基因组特征及对抗生素的敏感性等。
支原体最显著的特征是缺乏细胞壁，仅由细胞膜包裹，因此形态高度可变，可呈现球形、丝状或不规则结构。而细菌具有典型的肽聚糖细胞壁结构，例如革兰氏阳性菌的厚壁结构或革兰氏阴性菌的双层膜结构。这种差异导致支原体对作用于细胞壁的抗生素（如青霉素）天然耐药，而细菌可能对其敏感。
支原体的基因组大小仅为细菌的1/5-1/3，其代谢途径简单，必须依赖宿主细胞获取胆固醇等生长必需物质，因此多为寄生性生存。相比之下，细菌具有完整的代谢系统，多数可自主合成所需营养物质，能在体外培养基中独立生长。在培养条件方面，支原体需要特殊培养基并添加动物血清，而普通细菌在常规培养基即可增殖。
在致病性方面，支原体通过表面粘附蛋白与宿主细胞特异性结合，持续定植引发慢性炎症反应，典型代表如肺炎支原体引起的非典型肺炎。细菌则多通过释放内/外毒素或侵袭性酶类直接损伤组织，如链球菌产生的溶血素。治疗时，支原体感染首选大环内酯类抗生素（阿奇霉素、克拉霉素），而细菌感染需根据类型选择β-内酰胺类（头孢克肟）或喹诺酮类（左氧氟沙星）等药物。
当出现疑似感染症状时，建议进行微生物培养或核酸检测明确病原体类型。治疗需严格遵循医嘱，避免自行使用抗生素，特别是对支原体无效的青霉素类药物。早期准确鉴别病原体类型对制定有效治疗方案具有重要意义。