饭后1~2小时喝酸奶通常更有利于消化。此时胃内食物已部分排空，胃酸浓度相对降低，酸奶中的活性益生菌更容易存活并发挥作用，同时乳酸的分泌也有助于促进肠道蠕动。
酸奶中的益生菌需要在适宜的酸碱环境中存活。饭后立即饮用，胃酸浓度较高可能影响益生菌活性，导致其无法顺利到达肠道发挥作用。等待1小时左右，胃内pH值逐渐回升至4~5，此时摄入的益生菌存活率可提高约30%~50%。此外，酸奶中含有的乳酸能刺激胃蛋白酶原活化，促进蛋白质分解，但这种作用需要与胃内食物充分混合才能更好发挥。
乳糖不耐受人群需特别注意饮用时间。这类人群肠道内乳糖酶活性较低，空腹饮用酸奶可能导致腹胀、腹泻。饭后1小时饮用，食物可延缓胃排空速度，使乳糖更缓慢进入肠道，减轻消化负担。建议每天饮用100~200ml酸奶为宜，过量可能引起反酸等不适。
饮用酸奶时可搭配富含膳食纤维的水果如香蕉、苹果，但不宜与高温食物同食以免破坏益生菌活性。对于有慢性胃炎或胃食管反流的人群，建议选择常温酸奶，避免低温刺激胃黏膜。长期饮用酸奶应选择无糖或低糖产品，控制每日添加糖摄入量。