黏液腺囊肿存在一定的自愈可能性，但通常取决于囊肿的大小和病因。较小的囊肿可能因唾液腺导管自然疏通而消退，而较大的或反复发作的囊肿一般难以自愈，需通过治疗干预。
黏液腺囊肿多由口腔黏膜的唾液腺导管阻塞或外伤导致。若囊肿体积较小且未继发感染，部分患者的唾液腺导管可能通过自我修复重新开放，黏液排出后囊肿可逐渐缩小直至消失。但对于直径超过5mm的囊肿，腺体导管往往存在持续阻塞，囊壁逐渐纤维化形成包裹，此时难以自行消退。反复咬伤造成的囊肿因持续刺激，自愈概率更低。
建议避免反复摩擦或咬合囊肿区域，保持口腔清洁。若囊肿持续存在超过2周，或出现红肿、疼痛等感染迹象，应及时到口腔颌面外科就诊。医生可能根据情况选择药物注射、激光治疗或手术切除等方式处理，以彻底清除囊壁组织，降低复发风险。