结膜炎一般可以根治，但具体能否根治与病因类型有关。细菌性结膜炎、病毒性结膜炎等类型通常可以治愈，而过敏性结膜炎容易反复发作，需长期控制。
1、细菌性结膜炎
细菌感染引起的结膜炎通常通过抗生素治疗可根治。患者可在医生指导下使用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、红霉素眼膏等药物，杀灭致病菌后炎症消退，症状完全消失。规范用药后复发率较低，多数患者预后良好。
2、病毒性结膜炎
病毒感染导致的结膜炎具有自限性，一般7-14天可自愈。急性期可使用更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等抗病毒药物缓解症状。但部分病毒可能潜伏在神经节，当免疫力下降时可能复发，如单纯疱疹病毒性结膜炎可能反复发作。
3、过敏性结膜炎
此类结膜炎由过敏原诱发，难以彻底根治。患者接触花粉、尘螨等过敏原后会反复出现眼痒、充血等症状。治疗以抗过敏药物为主，如奥洛他定滴眼液、色甘酸钠滴眼液，配合冷敷缓解症状。需通过过敏原检测明确诱因，并尽量避免接触才能减少复发。
若结膜炎迁延不愈或反复发作，建议及时到眼科就诊检查。治疗期间需注意用眼卫生，避免揉眼或与他人共用毛巾。过敏性结膜炎患者需遵医嘱规范使用药物，不可自行滥用激素类眼药水，以免引发青光眼等并发症。