染色体Y缺失是否影响生育，通常需根据缺失类型和程度综合判断。部分情况下可能影响生育能力，但需结合具体检查结果评估。
染色体Y缺失常见于AZF区域缺失，该区域与精子生成密切相关。若缺失涉及AZFa或AZFb全段，多数患者睾丸中无法产生成熟精子，精液检查常表现为无精子症。此类患者自然生育可能性较低，但可通过睾丸显微取精术尝试获取少量精子，结合试管婴儿技术辅助生育。对于AZFc区域缺失者，可能表现为严重少精子症，仍有自然受孕机会，但精子数量可能随时间推移逐渐减少。
建议存在Y染色体缺失的男性，及时到生殖医学中心进行精液分析、性激素检测和遗传咨询。必要时可考虑精子冷冻保存，为后续辅助生殖技术保留生育机会。临床中已有部分Y染色体微缺失患者通过卵胞浆内单精子注射技术成功生育，但子代男性可能遗传该缺失，需在孕前进行充分遗传风险评估。