酪酸梭菌活菌胶囊一般不会产生明显副作用，但部分人群使用后可能会出现轻微不适反应。药物安全性较高，但仍需遵医嘱使用，避免擅自调整剂量或用药时长。
酪酸梭菌活菌胶囊属于肠道微生态制剂，其主要成分酪酸梭菌能够调节肠道菌群平衡。大部分患者在规范用药时，药物成分会与肠道内原有菌群协同作用，通常不会引发明显不良反应。少数敏感人群在用药初期可能出现腹部隐痛、排气增多等肠道适应性反应，这些症状多会在3-5天内自行缓解。极个别免疫缺陷患者需警惕菌群移位风险，但临床发生率低于0.1%。
使用该药物期间应避免与抗生素同服，若需联合使用需间隔2小时以上。治疗过程中若出现持续性腹痛、皮疹或排便习惯明显改变，应立即停药并联系主治医师。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女使用前需经过专业评估，确保用药安全。