黑木耳本身无毒，但长时间浸泡可能滋生有害细菌并产生毒素。通常建议冷水泡发时间控制在4小时以内，若在高温环境下浸泡超过8小时，可能产生米酵菌酸毒素，存在中毒风险。
黑木耳在正常泡发过程中，若使用干净的冷水并控制时间在4小时以内，通常不会产生毒素。此时泡发的黑木耳质地柔软且富有弹性，可安全用于烹饪。但若浸泡时间过长，尤其是在25℃以上的环境中，黑木耳容易受椰毒假单胞菌污染，该菌代谢产生的米酵菌酸耐高温且毒性强，100℃煮沸也无法破坏其毒性。
需要特别注意泡发后的储存条件，若发现黑木耳表面发黏、有异味或颜色异常，说明已发生变质。食用变质黑木耳后可能出现恶心呕吐、腹痛腹胀等症状，严重时可引发肝肾功能损伤甚至多器官衰竭。建议每次按需泡发，避免隔夜浸泡，夏季高温季节可将泡发容器置于冰箱冷藏室。
日常食用黑木耳应遵循即泡即用的原则，充分加热烹调可降低微生物污染风险。若食用后出现不适症状，应立即停止食用并携带剩余食材就医，以便医生准确判断中毒类型并进行针对性治疗。