肾盂肾炎是否严重通常与病情进展、治疗及时性等因素有关。急性肾盂肾炎及时规范治疗一般不严重，但延误治疗可能引起严重并发症。慢性肾盂肾炎若未有效控制，可能影响肾功能。
急性肾盂肾炎属于上尿路感染，发病时可能出现高热、腰痛、尿频等症状。若早期使用左氧氟沙星、头孢曲松钠、阿莫西林等抗生素规范治疗，多数患者1-2周可治愈。但若未及时就诊，病原体可能通过血液播散引发肾脓肿、感染性休克或脓毒血症，此时病情危重需住院治疗。对于糖尿病患者、妊娠期女性等免疫力低下群体，病情进展速度更快。
慢性肾盂肾炎多由急性期未彻底治愈转变而来，反复感染会导致肾实质瘢痕形成。患者可能出现夜尿增多、贫血等肾功能不全表现，肾小球滤过率持续下降可能进展为慢性肾衰竭。合并尿路梗阻、膀胱输尿管反流等解剖异常者，肾功能损害风险显著增加。
确诊肾盂肾炎后应遵医嘱完成全程抗菌治疗，急性期治疗需持续10-14天。治疗期间建议每日饮水2000ml以上，保持外阴清洁。慢性患者需每3-6个月复查尿常规和肾功能，出现尿液浑浊、水肿等症状应及时复诊。