肛门囊肿是否严重需根据具体情况判断，及时治疗通常可以较好控制病情，但延误治疗可能引发感染扩散或形成肛瘘等并发症。大部分患者通过规范处理可获得良好预后，但个体差异会影响疾病进展速度。
肛门囊肿的严重程度与就诊时机密切相关。早期较小的囊肿未合并感染时，通过外用药物配合坐浴等保守治疗可能消退。若囊肿体积较大或继发细菌感染，可能出现局部红肿热痛、流脓等症状，此时需手术切开引流。若感染波及周围组织可能发展为肛周脓肿，甚至穿透肛门括约肌形成肛瘘，治疗难度会明显增加。部分患者因体质因素或基础疾病（如糖尿病）可能导致病情反复发作。
发现肛门区域存在包块、疼痛或异常分泌物时，建议尽早就诊肛肠科。治疗期间需保持肛门清洁，每日温水坐浴2-3次，穿着透气棉质内衣。避免久坐压迫患处，饮食上减少辛辣刺激食物摄入。术后患者应按医嘱定期换药，观察伤口愈合情况，出现发热或异常出血需立即复诊。