氨气有毒，其毒性较大，人体接触后可能对多个器官系统造成损害。氨气具有强烈刺激性，主要通过呼吸道、眼睛及皮肤接触产生危害。
氨气易溶于水，接触湿润的黏膜后会形成腐蚀性强的氢氧化铵，导致化学性灼伤。吸入高浓度氨气可引发喉头水肿、支气管痉挛甚至窒息，严重时可能导致急性呼吸窘迫综合征。低浓度长期接触可能引起慢性支气管炎、肺纤维化等疾病。眼部接触氨气后会出现疼痛、流泪及角膜损伤，皮肤接触可致红斑、水疱。
氨气的毒性作用与浓度相关，空气中氨浓度超过50ppm时即对呼吸道产生明显刺激，达到500ppm以上可能危及生命。部分人群如哮喘患者、慢性肺病患者对氨气更为敏感，较低浓度即可诱发症状。
接触氨气后应立即脱离污染环境，用大量清水冲洗接触部位至少15分钟，并及时就医。涉及氨气操作的行业需配备防毒面具、护目镜等防护装备，工作场所应保持良好的通风条件并安装氨气浓度报警装置。储存液氨的容器需符合压力容器标准，防止泄漏事故发生。