牛黄和三黄的药效无法直接比较强弱，两者在中医理论中功效各有侧重，需根据具体病症和体质进行选择。牛黄性凉味苦，擅长清心解毒、豁痰开窍；三黄（黄芩、黄连、黄柏）组合多用于清热燥湿、泻火解毒，三者常协同增效。
1、牛黄
牛黄为牛科动物胆囊的结石，归心、肝经，主要针对高热神昏、惊痫抽搐等急症。其含胆红素、胆汁酸等成分，可抑制中枢神经系统过度兴奋，常用于安宫牛黄丸等急救方剂，对中风昏迷、小儿高热惊厥有显著疗效。因其药性峻猛，多用于实证、热证。
2、三黄
黄芩善清上焦肺热，黄连主清中焦胃火，黄柏偏清下焦湿热。三者联用可覆盖三焦湿热，如黄连解毒汤治疗湿热黄疸、痢疾等。黄芩苷、小檗碱等成分具有广谱抗菌作用，对消化系统、泌尿系统感染性疾病效果显著。三黄配伍更适用于湿热蕴结所致的慢性炎症。
需注意牛黄属贵重药材，且天然牛黄资源稀缺，现多用人工牛黄替代。三黄苦寒易伤脾胃，脾胃虚寒者慎用。具体用药应经中医师辨证，根据病症寒热虚实合理配伍，擅自用药可能引起腹泻、腹痛等不良反应。急症患者出现高热惊厥时应及时就医，不可盲目使用中药延误治疗。