食管炎的治疗不存在效果最好的药物，需根据病因及病情严重程度选择合适的药物。通常可遵医嘱使用抑酸药、黏膜保护剂、促胃动力药等，若存在感染还需配合抗生素治疗。
1、抑酸药
常用质子泵抑制剂如奥美拉唑肠溶片、雷贝拉唑钠肠溶片等，能抑制胃酸分泌，减少酸性物质对食管黏膜的刺激。H2受体拮抗剂如法莫替丁片也可用于控制胃酸，但作用持续时间较短。
2、黏膜保护剂
铝碳酸镁咀嚼片、硫糖铝混悬凝胶等药物能在食管黏膜表面形成保护层，中和部分胃酸，促进受损黏膜修复。这类药物通常需餐后服用以延长作用时间。
3、促胃动力药
多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等可增强食管蠕动功能，加速胃排空，防止胃内容物反流。适用于伴随胃动力不足的烧心、反酸患者。
4、抗生素治疗
若食管炎由真菌感染引起，需使用氟康唑胶囊等抗真菌药物。细菌感染所致者则需根据药敏结果选用阿莫西林胶囊、克拉霉素片等抗生素。
食管炎患者需避免自行用药，特别是抗生素需严格遵循医嘱。治疗期间应保持低脂饮食，睡前3小时禁食，睡眠时可抬高床头15-20厘米。若用药后出现吞咽疼痛加剧、呕血等症状，应立即到消化内科就诊。