内啡肽和多巴胺作为两种重要的神经递质和调质，其合成途径存在显著差异，主要体现在前体物质、合成步骤及关键酶等方面。
多巴胺的合成以酪氨酸为前体，在酪氨酸羟化酶催化下生成左旋多巴，随后经多巴脱羧酶作用转化为多巴胺。该过程主要发生在神经元胞质，依赖维生素B6作为辅因子，并受负反馈调节。内啡肽属于内源性阿片肽，其合成通过基因编码的前阿黑皮素原（POMC）经蛋白酶切割产生，需经历核糖体翻译、内质网加工等蛋白质合成过程，关键步骤包括激素原转化酶和羧肽酶的连续作用。
从调节机制看，多巴胺合成受酪氨酸羟化酶磷酸化水平调控，突触间隙浓度过高会抑制合成酶活性。内啡肽的生成则受应激、疼痛刺激等因素影响，通过激活下丘脑-垂体轴促进POMC基因表达。两者储存方式也不同：多巴胺储存在突触小泡中等待量子化释放，而内啡肽生成后主要储存在分泌颗粒内，通过调节性分泌方式释放。这种本质差异决定了两者在镇痛机制（内啡肽通过μ阿片受体）和奖赏通路（多巴胺通过D2受体）中发挥不同生物学功能。
临床上，多巴胺前体左旋多巴常用于帕金森病治疗，而内啡肽类似物如吗啡广泛应用于疼痛管理。两者代谢途径也存在区别：多巴胺经单胺氧化酶和儿茶酚-O-甲基转移酶降解，半衰期约2分钟；内啡肽则被氨肽酶快速水解，半衰期通常不超过15分钟。这些生化特性的差异为开发靶向神经系统疾病药物提供了重要理论依据。