地衣芽孢杆菌活菌胶囊主要用于调节肠道菌群，其副作用通常较轻微，可能包括胃肠道不适、过敏反应、菌群失调等。由于个体差异，具体反应可能有所不同。
1、胃肠道不适
部分患者服药后可能出现腹胀、腹痛、恶心等消化道症状。地衣芽孢杆菌作为活性菌制剂，在肠道定植过程中可能短暂影响消化功能，这类症状通常较轻微且可自行缓解。建议在饭后半小时服用以减轻刺激。
2、过敏反应
少数过敏体质者可能出现皮疹、皮肤瘙痒等过敏表现。这与机体对药物成分的敏感性有关，若出现严重过敏如呼吸困难、血管神经性水肿等，需立即停药并及时就诊。
3、菌群失调
长期过量使用可能破坏肠道菌群平衡，导致排便习惯改变或继发感染。该药物含有的芽孢杆菌属于条件致病菌，需严格遵医嘱按疗程服用，避免自行延长用药时间。
使用地衣芽孢杆菌活菌胶囊期间，需注意避免与抗菌药物同服。若需联合使用抗生素，建议间隔2-3小时服用。用药过程中若出现持续腹泻、发热等异常症状，应及时联系医生调整治疗方案。特殊人群如孕妇、免疫功能低下者使用前应咨询专业医师。